Οι εξηγήσεις που είχαν δώσει ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα δεν στάθηκαν αρκετές για να πείσουν τον εισαγγελέα να μην προχωρήσει η δικαστική διερεύνηση της υπόθεσης.
Για τρίτη φορά βρίσκεται στη θέση του κατηγορούμενου ο πατέρας Αντώνιος, ο οποίος μετά την τελευταία ποινική δίωξη από τον εισαγγελέα Πρωτοδικών Ιωάννη Σέβη, ελέγχεται από τη δικαιοσύνη για τα οικονομικά πεπραγμένα της Κιβωτού του Κόσμου.
Συγκεκριμένα από την Εισαγγελία Πρωτοδικών ασκήθηκε ποινική δίωξη σε βάρος του πατέρα Αντώνιου και της πρεσβυτέρας, για τα κακουργήματα της απιστίας, της υπεξαίρεσης και του ξεπλύματος μαύρου χρήματος. Ειδικότερα, στην πρεσβυτέρα οι Αρχές αποδίδουν τα αδικήματα της απιστίας και της υπεξαίρεσης, ενώ στον πατέρα Αντώνιο αποδίδεται ηθική αυτουργία στις παραπάνω πράξεις, ενώ και οι δύο βαρύνονται ακόμα με το αδίκημα του ξεπλύματος μαύρου χρήματος.
Ποινική δίωξη επίσης σε βαθμό πλημμελήματος ασκήθηκε και σε βάρος ενός πρώην εργαζόμενου στην Κιβωτό του Κόσμου και σε βάρος ενός συγγενικού προσώπου του ζευγαριού για συνέργεια σε πλημμεληματική υπεξαίρεση. Κατά πληροφορίες οι πράξεις αυτές αφορούν αφενός ένα μέρος του μισθού του υπάλληλου , που φέρεται να γύριζε στην οργάνωση ενώ στη θυρίδα του συγγενικού προσώπου του ιερέα και της πρεσβυτέρας, σε νησί του Αιγαίου εντοπίστηκαν 57.000 ευρώ.
Αξίζει να σημειωθεί ότι στο πλαίσιο της προκαταρκτικής εξέτασης που προηγήθηκε ο πατέρας Αντώνιος και η πρεσβυτέρα κλήθηκαν και έδωσαν εξηγήσεις με την ιδιότητα των υπόπτων τέλεσης αξιόποινων πράξεων δύο φορές αρνούμενοι με τρόπο κατηγορηματικό ότι έχουν διαπράξει οποιοδήποτε αδίκημα ή ότι έχουν κακοδιαχειριστεί έστω και ένα ευρώ από τα διαθέσιμα της Κιβωτού του Κόσμου. Ωστόσο, οι εξηγήσεις τους δεν στάθηκαν αρκετές, όπως φάνηκε από την άσκηση της ποινικής δίωξης, για να πείσουν τον εισαγγελέα να μην προχωρήσει η δικαστική διερεύνηση της υπόθεσης.
Για τρίτη φορά βρίσκεται στη θέση του κατηγορούμενου ο πατέρας Αντώνιος, ο οποίος ελέγχεται από τη δικαιοσύνη για τα οικονομικά πεπραγμένα της Κιβωτού του Κόσμου.
Κατά πληροφορίες ο αδίκημα της απιστίας συνίσταται σε αναιτιολόγητες δαπάνες άνω των 190.000 ευρώ ποσό που σχετίζονται με την αγορά από το ζεύγος ακινήτου στην Πωγωνιανή και τις επισκευές που έγιναν σε αυτό. Επίσης, αφορά σε εκταμιεύσεις 2.000.000 ευρώ από τα ταμεία της Κιβωτού για τα οποία δεν υπάρχουν παραστατικά. Κατά τις εισαγγελικές αρχές τα χρήματα αυτά εκταμιεύτηκαν για άλλους σκοπούς από αυτούς που υπηρετεί η οργάνωση.
Η υπεξαίρεση, επίσης, σε βαθμό κακουργήματος, αφορά τα χρήματα και τιμαλφή ύψους περίπου 470.000 ευρώ που βρέθηκαν στο διαμέρισμα της οργάνωσης που χρησιμοποιούσε ο πατέρας Αντώνιος, καθώς και τα χρήματα, τα κοσμήματα και τις χρυσές λίρες που εντοπίστηκαν σε θυρίδες αλλά και 300.000 ευρώ που λείπουν από τα διαθέσιμα της οργάνωσης.
Η δικογραφία μετά την εξέλιξη αυτή θα διαβιβαστεί σε ανακριτή, ενώπιον του οποίου θα κληθούν σε απολογία οι κατηγορούμενοι .