Σε γραπτή δήλωσή του για την απόφαση της Τουρκίας για την Αγιά Σοφιά, ο περιφερειάρχης Κρήτης Σταύρος Αρναουτάκης αναφέρει:
«Η απόφαση της Τουρκίας να μετατρέψει την Αγιά Σοφιά σε τζαμί, προσβάλλει τον οικουμενικό χαρακτήρα της και το φρόνημα των Ορθοδόξων στην Κρήτη, την Ελλάδα καθώς και το χριστιανικό φρόνημα σε όλο τον κόσμο. Είναι μια μεγάλη πρόκληση για την Ευρωπαϊκή Ένωση, μια πράξη καταδικαστέα που δεν πρέπει να γίνει αποδεκτή από τη διεθνή κοινότητα».
Παράλληλα, σε ανακοίνωσή της, η Εκκλησία της Κρήτης καταδικάζει την απόφαση Ερντογάν για την Αγιά Σοφία, τονίζοντας πως αυτή «ανήκει στην ανθρωπότητα, αποτελεί χαρακτηρισμένο μνημείο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO και μαρτυρεί την Ιστορία, τον Πολιτισμό, τη συμπόρευση και τη συναλληλία των Λαών και των Θρησκειών».
Επίσης, δηλώνει την αμέριστη συμπαράσταση και στήριξή της στο Οικουμενικό Πατριαρχείο, υπογραμμίζοντας ότι «η Αγία Σοφία δεν «διαγράφεται, ούτε παραγράφεται».
Αναλυτικά το ανακοινωθέν της Εκκλησίας της Κρήτης:
«Η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας Κρήτης, με αφορμή την πρόσφατη απόφαση για τη μετατροπή της Αγίας Σοφίας στην Κωνσταντινούπολη σε τζαμί, εκφράζει τη βαθύτατη θλίψη και την απογοήτευσή Της και καταδικάζει απερίφραστα την ενέργεια αυτή.
Η Εκκλησία της Κρήτης, ενώνει τη φωνή Της με όλες τις φωνές της Οικουμένης, και διατυπώνει την έντονη αντίρρησή Της, στην προκλητική και διχαστική αυτή απόφαση, η οποία προσβάλλει την Ιστορία και δημιουργεί νέα δεδομένα και καταστάσεις.
Η Αγία Σοφία ανήκει στην ανθρωπότητα, αποτελεί χαρακτηρισμένο μνημείο Παγκόσμιας Πολιτιστικής Κληρονομιάς της UNESCO και μαρτυρεί την Ιστορία, τον Πολιτισμό, τη συμπόρευση και τη συναλληλία των Λαών και των Θρησκειών. Η Μεγάλη Εκκλησία δεν «σμικρύνεται» ενώπιον των ανθρωπίνων φιλοδοξιών και σκοπιμοτήτων.
Η Αγία Σοφία δεν «διαγράφεται», ούτε «παραγράφεται»! Στέκει αγέρωχη και μαρτυρεί το Οικουμενικό της πνεύμα, την πορεία και την προσφορά της, καθώς, για μία περίπου χιλιετία υπήρξε το ουράνιο και το επίγειο κέντρο της Ορθοδόξου Οικουμένης. Η Αγία Σοφία καλεί στον 21ο αιώνα, όλους τους ανθρώπους σε αληθινή κοινωνία, σε γόνιμο διάλογο και σε ουσιαστικό αλληλοσεβασμό.