Το Ναγκασάκι ήταν η τελευταία πράξη του δράματος για την Ιαπωνία με το δεύτερο ατομικό ολοκαύτωμα που συγκλόνισε τον κόσμο. Η μοίρα του ήταν προδιαγεγραμμένη, καθώς αποτελούσε εξαρχής στόχο αμέσως μετά τη Χιροσίμα και πριν την πόλη Κοκούρα.
Στη δεύτερη ατομική επίθεση των Αμερικανών, το Ναγκασάκι βρισκόταν δεύτερο στη λίστα των στόχων, σε ένα επιχειρησιακό πλάνο αντίστοιχο με εκείνο της ρίψης της βόμβας στη Χιροσίμα, για το πλήρωμα του αμερικανικού βομβαρδιστικού B-29 Superfortress Bockscar και το συνοδευτικό του. Όμως, κατά μια ειρωνεία της μοίρας, εκείνο το πρωί της 9ης Αυγούστου η Κοκούρα ήταν καλυμμένη με σύννεφα και το πλήρωμα δεν είχε οπτική επαφή.
Όπως ήταν λοιπόν προγραμματισμένο, η αποστολή κατευθύνθηκε προς τον δεύτερο στόχο, το Ναγκασάκι. Και αυτή η προσέγγιση εντοπίστηκε από τα ραντάρ των Ιαπώνων, όμως δε δόθηκε συναγερμός, καθώς οι Ιάπωνες θεώρησαν πως ήταν αναγνωριστική πτήση.
Οι δείκτες των ρολογιών έδειχναν 11 το πρωί ακριβώς, όταν το ένα B-29 της αποστολής, το “The Great Artiste”, έριχνε τρία αλεξίπτωτα με όργανα κι ένα γράμμα για έναν Ιάπωνα καθηγητή Πυρηνικής Φυσικής, στο οποίο οι Αμερικανοί τον παρακινούσαν να δημοσιοποιήσει στη χώρα του την απειλή για τα όπλα μαζικής καταστροφής. Ένα λεπτό αργότερα, το βομβαρδιστικό Bockscar έριχνε τη βόμβα που έφερε το παρατσούκλι “Χοντρός άντρας” (“Fat Man”), μια ατομική βόμβα που περιείχε πυρήνα 6,4 κιλών πλουτώνιο-239, πάνω από τη βιομηχανική περιοχή του Ναγκασάκι.
Η βόμβα εξερράγη 469 μέτρα πάνω από το έδαφος, αλλά 3 χιλιόμετρα πιο μακριά από το προκαθορισμένο σημείο. Η έκρηξη είχε ισχύ ίση με αυτή 21 κιλοτόνων εκρηκτικού TNT, προκαλώντας θερμοκρασίες 3.900 βαθμών Κελσίου και δημιουργώντας ένα ωστικό κύμα με ανέμους ταχύτητας 1.005 χλμ./ώρα.
Η καταστροφή ήταν απόλυτη. Το Ναγκασάκι ισοπεδώθηκε. Οι νεκροί από την έκρηξη υπολογίζονται περίπου 40.000, ενώ άλλοι τόσοι πέθαναν τους επόμενους έξι μήνες από τη ραδιενέργεια. Η έκρηξη ήταν ακόμη σφοδρότερη από την προηγούμενη στη Χιροσίμα και σχεδόν διέλυσε το Β29, το οποίο μόλις που πρόλαβε να προσγειωθεί στην Οκινάβα. Ωστόσο, λόγω της γεωγραφικής θέσης του Ναγκασάκι, τα αποτελέσματά της στο έδαφος ήταν λιγότερο καταστροφικά από αυτά της βόμβας στη Χιροσίμα, αν και οι συνέπειες της ραδιενέργειας ήταν εξίσου θανατηφόρες.
Οι δύο αυτές ρίψεις έγιναν με προσωπική απόφαση του τότε προέδρου των ΗΠΑ Χάρι Τρούμαν. Για να πραγματοποιηθούν, ο διοικητής της μοίρας της Αεροπορίας Στρατού Σπατζ, στην οποία ανήκαν τα αεροσκάφη, ζήτησε έγγραφη τη διαταγή από την πολιτική ηγεσία, αρνούμενος να σκοτώσει «ίσως 100.000 άτομα με προφορικές μόνο εντολές». Η διαταγή πράγματι του στάλθηκε εγγράφως, με τις υπογραφές του υπουργού Εσωτερικών Τζορτζ Μάρσαλ και του υπουργού Στρατιωτικών Χένρι Στίμσον. Η τελική, ωστόσο, απόφαση, σύμφωνα με το Σύνταγμα των ΗΠΑ, έπρεπε να ληφθεί μόνον από τον πρόεδρο, ο οποίος και την έλαβε, με την αιτιολογία ότι οι ρίψεις αυτές θα έφερναν γρήγορο τέλος στον πόλεμο στο “θέατρο” του Ειρηνικού και ότι τα θύματα από τις βόμβες θα ήταν λιγότερα από τις απώλειες σε μια ενδεχόμενη απόβαση στην Ιαπωνία ή από τη συνέχιση του πολέμου.
